醫院學科綜合實力強大，臨床醫學ESI排名處于行列（全球前1‰）。在教育部2017年一級學科評估中，臨床醫學和護理學排名A-，中西醫結合醫學均排名B+；現有教育部國家重點學科9個，重點培育學科2個；有國家臨床重點專科34個，數量名列全國醫院。在國家三級公立醫院績效考核連續兩年排名全國第二，等級A++。在復旦大學中國佳專科聲譽和佳醫院排行榜上，連續12年名列全國第二，其中12個專科前三、20個前五、30個前十。領軍人才方面，有兩院院士1人、CJ學者13人、國家教學名師4人、國家杰青14人、高級職稱1404人、研究生導師940人。