RIKEN綜合醫(yī)學(xué)科學(xué)中心和分子生物學(xué)FIRC研究中心(IFOM)的科學(xué)家與京都大學(xué)，卡羅林斯卡研究所和DNAFORM的合作者一起，開(kāi)發(fā)了一種新技術(shù)NET-CAGE來(lái)闡明一種類(lèi)型的結(jié)構(gòu)基因組的非編碼部分稱(chēng)為增強(qiáng)子，其功能是激活特定基因。基因組的這些部分曾經(jīng)被認(rèn)為是不重要的，被稱(chēng)為“垃圾DNA”，現(xiàn)在已知與多種疾病有關(guān)，了解其功能已成為基因組研究的重要目標(biāo)。

       現(xiàn)在已知有兩種類(lèi)型的基因組區(qū)域，稱(chēng)為啟動(dòng)子和增強(qiáng)子，它們主要通過(guò)開(kāi)啟來(lái)協(xié)調(diào)蛋白質(zhì)編碼基因的激活。啟動(dòng)子位于它們激活的基因旁邊，而增強(qiáng)子位于很遠(yuǎn)的地方，但是它們也以某種方式作用于基因。已經(jīng)開(kāi)發(fā)了多種技術(shù)來(lái)嘗試?yán)L制增強(qiáng)子的圖譜，但是它們都具有局限性，要么缺乏識(shí)別的敏感性，要么無(wú)法精que定位區(qū)域的位置，要么不適用于冷凍細(xì)胞。

      為了克服這些局限性，研究人員開(kāi)發(fā)了一種稱(chēng)為NET-CAGE的方法，該方法是RIKEN開(kāi)發(fā)的CAGE技術(shù)的擴(kuò)展，用于以高靈敏度識(shí)別基因組的非編碼區(qū)，并用于檢查五種常見(jiàn)的癌癥類(lèi)型細(xì)胞系。他們很高興發(fā)現(xiàn)該方法可用于冷凍保存的細(xì)胞。

      使用新方法，研究人員在增強(qiáng)劑方面取得了一系列有趣的發(fā)現(xiàn)。先，他們確定了多達(dá)20,000種新的人類(lèi)增強(qiáng)劑。他們發(fā)現(xiàn)，雖然啟動(dòng)子在多種細(xì)胞類(lèi)型中均被激活，但增強(qiáng)子往往僅在一種細(xì)胞類(lèi)型中起作用，因此顯示出兩種類(lèi)型區(qū)域之間的重要區(qū)別。他們還發(fā)現(xiàn)了兩種類(lèi)型區(qū)域之間的有趣聯(lián)系，表明它們根據(jù)其細(xì)胞類(lèi)型特異性在拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)上相互聯(lián)系。此外，他們還以高核苷酸分辨率在稱(chēng)為“超級(jí)增強(qiáng)劑”的簇區(qū)域內(nèi)精que定位了活性增強(qiáng)劑的確切位置。

      RIKEN IMS的研究小組負(fù)責(zé)人RIKEN IMS的Yasuhiro Murakawa說(shuō)道：“我們發(fā)現(xiàn)增強(qiáng)子在產(chǎn)生特定于細(xì)胞類(lèi)型的轉(zhuǎn)錄組中起著至關(guān)重要的作用。這項(xiàng)研究開(kāi)發(fā)的新方法可用于研究從生物學(xué)的許多方面來(lái)看，從長(zhǎng)遠(yuǎn)來(lái)看，該方法可以應(yīng)用于下一代基因組醫(yī)學(xué)。”

       他繼續(xù)說(shuō)：“使用這項(xiàng)技術(shù)，我們正在繪制增強(qiáng)劑在人體內(nèi)激活的綜合圖。通過(guò)將知識(shí)與有關(guān)疾病和癌癥基因組學(xué)數(shù)據(jù)的突變數(shù)據(jù)相結(jié)合，我們希望加深對(duì)癌癥發(fā)生機(jī)理的理解。疾病“。