抗原又稱作免疫原，是指能引起抗體生成的物質，能夠刺激機體免疫系統產生特異性抗體或致敏淋巴細胞。抗原具有免疫原性，能夠引起連續的免疫反應。

原則上任何可以誘發免疫反應的物質都可以做抗原，包括天然抗原和人工合成抗原，如蛋白質、多糖、脂類、核酸等。但是一個免疫原強的抗體應滿足以下的要求：

（1） 分子量足夠大。抗原決定簇一般有6-8個氨基酸殘基構成，平均5-10kD才會有一個抗原決定簇，因此分子量太小的多肽或蛋白難以形成一個抗原決定簇。

（2） 外源性要強。機體可以對自身物質形成免疫耐受，因此抗原和體內物質完全一樣或者相似就難以引起免疫應答，自然也就難以產生抗體了。

（3） 結構盡量復雜。越是結構簡單的物質，免疫原性越差。簡單重復的物質一般不具有免疫原性。

（4） 可降解性好。

抗原按照其來源一般可分為：

1. 純化的天然蛋白質

天然蛋白經過修飾，具有線性表位和結構表達，結構相對來說，比較復雜，屬于比較理想的抗原。但由于天然蛋白純化要求比較高，難以獲得高純度的天然蛋白，會影響免疫和抗體純化。因此一般只選擇在機體內表達量比較高的蛋白作為抗原。

2. 純化的重組蛋白

重組蛋白純化技術比較多，容易獲得高純度的蛋白，并且種類、結構容易檢測。選擇重組蛋白要清楚這些蛋白是否帶有標簽，因為為了方便純化重組蛋白，一般會添加一些標簽，比如GST、His、Myc、Fc、Flag等。這些帶標簽的抗原在免疫動物體內戶產品帶有標簽的抗體，需要在抗體純化過程中將這些標簽去掉。

3. 人工合成的多肽

合成的多肽可以在不同的區域作為抗原進行免疫。

4. 小分子物質

分子量大小一般不會超過1000 Da，但小于300 Da就難以獲得高親和力的抗體，因此常會鏈接載體后才會進行動物免疫。

5. 組織、全細胞或細胞組分

有時由于抗原靶點不清楚，會選擇組織、全細胞或細胞組分作為抗原進行動物免疫。如果以組織作為抗原，則需要切除新鮮的組織，用生理鹽水洗干凈，然后用濾網和研杵將其分離成單個細胞。