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如何從細胞中提取高質量RNA?必看!

發布時間:2020-11-05瀏覽次數:1255返回列表

在實驗室中,尤其是分子生物類的實驗室中不可避免的會遇到細胞總RNA提取實驗,所提RNA樣品的質量和純度直接影響下一步的實驗,如逆轉錄,RT-PCR, microarray 等。下面我們來介紹如何提取細胞中的總RNA 。

首先,我們要知道什么是總RNA。總RNA包括mRNA和miRNA等,其中mRNA也就是信使RNA,是具有編碼蛋白質的功能的長RNA,傳遞遺傳信息。miRNA是小型非編碼RNA,長度約22個堿基,可以調控或沉默基因表達。我們的目的是得到質量好,純度高,完整的RNA樣品。操作如下:

細胞裂解 細胞的獲取方式不同,采用的裂解方法也不盡相同。 1)若是組織中提取,按照每50-100mg樣品加入1mlTrizol的比例加入Trizol,而后勻漿破碎樣品。細胞破碎后在室溫下靜置5分鐘,這樣可以分離出核蛋白復合物(nucleoprotein complexes),然后離心去除細胞碎片。 2)若是培養瓶中貼壁細胞,則先用冰PBS洗2次,而后按每10平方厘米區域加入1ml Trizol的比例加入Trizol, 吹打混勻處理。 3)若是懸浮細胞,離心收集細胞,去除培養基,然后加入適量Trizol吹打混勻處理。

可以發現這步操作主要用到了Trizol這個試劑。那么Trizol的作用是什么呢?Trizol的主要成分是苯酚,是有效的蛋白變性劑。它能夠抑制酶活性包括RNAaes,這樣可以保證RNA不會被降解掉,同時Trizol能夠使細胞裂解。

抽提RNA 向EP管中的細胞液加入200ul氯-仿,渦旋15秒后,室溫靜置3分鐘,然后4℃,12000rpm,15min條件下離心。離心后分3層,上層為無色或淡粉色含有RNA,中層為白色蛋白質層,下層為紅色含有脂質和培養基。我們所需的RNA就在氯-仿的作用在分在上層的水相中。

氯-仿是有機溶劑,添加氯-仿會使細胞內的蛋白變性沉淀,可以通過離心進行去除。同時加入氯-仿后,水相和有機相會分層,將水相中的酚抽提以免損傷核酸,另外還能溶解一些脂溶性雜質純化RNA。

沉淀RNA 吸取上層水相于新的EP管中,不要吸取中間蛋白質層,加入等體積的異丙醇,一般是500ul上清和500ul異丙醇,少的時候可以取200ul的上清。兩者充分混勻,室溫放置10分鐘,然后4℃,12000rpm離心10分鐘。離心結束后,棄去上清,管底可見白色膠狀沉淀,這就是我們的RNA了。

好奇心強的朋友一定會問了,加入異丙醇的作用是什么呢?異丙醇的作用就是沉淀水相中的RNA并抑制RNA酶活性,其羥基的疏水作用能保護RNA中的親水基團。

洗滌RNA 為了進行RNA的洗滌,我們需要用DEPC水配制75%的乙醇溶液,現配現用。哪尼?你不知道什么是DEPC水。DEPC水呢,就是是用DEPC(diethyl pyrocarbonate,焦碳酸二乙酯)處理過并經高溫高壓滅菌的MiliQ純水,里面不含雜質RNA,DNA和蛋白質。

按照添加的Trizon的量1:1體積配乙醇溶液,一般是750ul分析純乙醇加上250ul DEPC水,在渦旋儀上使乙醇溶液與RNA充分混勻,4℃,9000rpm,5min離心。然后小心棄去上清,不要吸走管底的RNA哦。

再次洗滌RNA 重復第四步驟,再次洗滌RNA,棄去上清后,控干EP管。,室溫下將EP管倒置在吸水紙上5-10min,酌情加入20-50ul DEPC水溶解RNA,這就是我們zui終提取到的RNA了。

測定RNA純度和濃度 用微量紫外分光光度計取1-2ul RNA檢測即可。A260/A280值在1.8-2.0間符合純度。RNA在260nm處有zui大吸收,A260=1.0代表RNA的濃度為40ug/ml。A280用于檢測蛋白污染,純RNA樣品的A260/A280=2.1,一般所得比值在1.8-2.0間也是普遍認可的。另外,我們也可以測定A230。A230用于檢測其他污染,主要來自RNA提取試劑,理想的A230值要大于1.5。另外RNA的完整性可以用1%的瓊脂糖凝膠電泳驗證。

操作注意事項: 1. 在收集細胞時,離心操作過程中離心管中看不見明顯的細胞沉淀時,可以在倒置顯微鏡下觀察培養瓶細胞殘留,判斷細胞是否都消化下來。另外,可以適當延長離心時間。

2.加入氯-仿時,要劇烈混勻使兩相徹底混勻 。DNA在水飽和酚的酸性條件下是會被留在有機相的,不會跑水相里頭去。吸取上清液時盡量不要分到不同的新的EP管中,本身量不多時,盡量集中到一個管中,同時也避免吸到中間蛋白降低純度。

3.加入異丙醇后沒有看到明顯的乳白色沉淀時,可以在-20℃過夜再離心,也可以繼續按照實驗操作往下做。

每個實驗室的提取方法可能不盡相同,此處的方法僅供參考交流。在實驗過程中遵守操作規范,嚴謹實驗,這樣便能大大提高實驗結果的準確性和可靠性

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