PCR擴增儀可以將反應管加熱或冷卻到每步反應所需的的溫度。為防止反應體系中液體產生蒸氣，通常在反應管上加蓋加熱的蓋子(比加熱板溫度來的高)，或者在反應體系表面加入一層石蠟油。作為實驗室的常用儀器，其選用問題不容忽視， 關于PCR擴增儀的選購，您需要知道這些！
1、的溫度控制系統
對PCR儀來說，溫度控制指標主要是指溫度的準確性、均一性、以及升降溫速度。
溫度的準確性：是指樣品孔溫度與設定溫度的一致性，它直接關系到實驗的成敗。由于PCR是一個幾何級數擴增的過程，不論是變性、退火還是延伸都需要準確控制溫度，對退火溫度而言溫控顯的尤為重要，有時1°甚至0.5°的差異也能決定實驗的成功與失敗，所謂差之毫厘，謬之千里。因而對PCR擴增儀而言溫度控制就意味著質量。
溫度的均一性：是指樣品孔間的溫度差異，它關系到在不同樣品孔進行反應結果的一致性。有用戶發現用同樣的樣品，同樣的PCR反應程序，后的結果竟然差異非常明顯，或許就是因為不同位置的溫度不均勻所致。同時位置邊緣效應對PCR實驗可重復性影響非常明顯。
升降溫速率：快的升降溫速度，可以縮短反應進行的時間，而且縮短了可能的非特異性結合、反應的時間，能提高PCR反應的特異性。eg:HealForce T960 PCR儀標配升降溫速度高達5℃的鍍金模塊，是同類廠家中配置鍍金模塊的。
2、儀器的功能性和人性化設計
越友好的操作界面、完善的功能以及人性化的設計能吸引用戶。（熱蓋、樣品座、軟件）
熱蓋：現在的PCR儀一般均配備熱蓋，熱蓋溫度設為105℃，使樣品管頂部的溫度達到105℃左右，蒸發的反應液就不會產生凝集在管蓋上而改變反應體積，這樣用戶就無需再向反應管內加石蠟油，直接減少后繼反應的麻煩。HealForce熱蓋溫度范圍為：20-110℃。
樣品座：PCR反應多在0.2或者0.5的管子中進行，多數PCR儀也配備了不同的可換樣品槽適配不同的樣品管。HealForce PCR儀一個槽內帶有0.2和0.5兩種不同樣品孔，不需換基座就可以分別使用兩種不同的反應管，或者96孔板，避免了換基座的麻煩。
軟件：新的PCR儀都比較注重程序編寫的簡易性。大屏幕，顯示實時信息，，記憶存儲多個程序、自動斷電保護等都有助于實驗室中的復雜環境使用。