基因擴增儀實際上相當于一個率的溫控系統，能夠在短時間內率的切換PCR酶反應所需要的溫度：能夠快速進行溫度切換和調整對于PCR反應來說是很重要的，下面小編講講PCR 擴增儀使用方法，帶有相關英文指示步驟的操作：

1.手動/機械手式水浴基因擴增如上圖所示，用三個恒溫水浴箱，分別將三個水浴溫度恒定在三個溫度：PCR的高溫變性溫度（如94℃）低溫復性溫度（如58℃），適溫延伸溫度（如 72℃）。

再用一個裝有PCR標本試管的提籃，用手工在不同溫度的水浴箱中依次水浴，標本在每個水浴箱中恒溫的時間用秒表計時。

這種方法的特點是：實驗人員勞動強度大，容易因疲勞引起差錯；而優點是:設備簡單，投資少，與自動化基因擴增儀相比，它無須升降溫過程，實驗時間短，試驗接近理想PCR反應條件。

事實表明實驗效果還是不錯的，但由于標本試管從一個水浴箱往另一個水浴箱移動中要較短暫暴露于空氣中，因此如移動速度不夠快時也會對標本形成溫度干擾，影響結果。

2.自動化控制型定性基因擴增儀

與上述水浴式擴增儀相比，也有人稱該種擴增儀為干式基因擴增儀，它是具代表性的擴增儀，包括后續介紹的第三代、第四代都是以第二代為基礎集成了定量檢測部分。

3.終點定量/半定量

第二代的定性PCR只能判斷陰性陽性，而無法評價特定核酸的濃度及定量分析，定量PCR至少能達到定性PCR無法實現的下列功能： a.潛伏期病毒濃度探測  b.感染程度  c.致病病原體數量變化測定  d.抗病物療效評估  e.恢復期病毒載量檢測

4..實時定量PCR

實時定量QPCR儀＋實時熒光定量試劑+通用電腦+自動分析軟件，構成PCR-DNA/RNA實時熒光定量檢測系統。