超聲波清洗機清洗中常用的清洗方式是將被清洗件放在清洗槽內的清洗液中進行清洗，這主要適用于一般中、小型零件。對于外形尺寸較大的大型零件，可采用局部清洗方式。即將被清洗件部分浸入清洗液中進行清洗，待清洗完畢后再將尚未清洗的部位浸入清洗液中繼續清洗，依次直至完全洗遍。對于能在清洗槽中放下的大型零件(如曲軸)，則可采用浸沒式換能器進行超聲波清洗。

對于要求嚴格的工件，可采用幾種不同配方的清洗液，若使用水溶性清洗液(如堿性清洗液和金屬清洗劑清洗液)進行清洗，漂洗。

對于油污程度嚴重的零件，可先加熱浸洗或沖洗，然后再采用超聲波清洗。這樣可以提高清洗效率和降低清洗成本。對于幾何形狀比較復雜(如有大小不等的孔穴、凹角等)的零件，則可采用多種頻率的超聲波清洗，即分別在幾種不同的超聲波頻率下進行清洗。

在同一清洗槽內，超聲波清洗機的空化強度并不是均勻相等的。為空化強烈區和不強烈區。空化強烈區與不強烈區相間，要將工件放置在空化強烈區內，以便獲得較好的清洗效果。但不能直接擱放在槽底輻射面上，不然不但會直接影響超聲波的機械振動，降低清洗效果；而超聲波能量卻散發不出去，zui終同時還應考慮到清洗件的盲孔布置情況，應先在清洗槽內注滿清洗液，然后將盲孔朝下對準超聲源。